Rubens Kuffer est titulaire d'un "Bachelor's Degree" du Conservatoire brésilien de musique de Rio de Janeiro (Brésil, 1996) où il a étudié la flûte à bec avec Ruy Wanderley et d'une maîtrise du Staatliche Musikhochschule Karlsruhe (Allemagne, 2001), où il a étudié Karel van Steenhoven. Il a également suivi des cours de flûte à bec réguliers avec Michael Form à Bâle (Suisse).
En tant que soliste et chambriste, il a joué en Allemagne, au Portugal, en Italie, en Suisse et au Brésil. Au cours de la plus grande partie de sa carrière, il s’est concentré sur la musique ancienne et en particulier sur la période baroque. Cependant, fin 2013, après l’achat de son premier flageolet français original avec système Boehm, il décide de se recentrer sur la période qu’il a toujours aimée: le 19ème siècle. Depuis lors, il s'est consacré au travail de pionnier consistant à sauver de l'obscurité des instruments tels que les czakans et les flageolets et leurs répertoires (y compris la restauration d'instruments originaux), en développant des modèles 3D en collaboration avec l'équipe 3DEW (3D Early Winds) (en particulier avec l'ingénieur en 3D et designer Federico Xiccato), et la redécouverte de techniques et de conceptions artistiques autrefois perdues.
Depuis 2018, il vit en Italie, où il s'efforce de vulgariser ces deux instruments en présentant des conférences-récitals dans les plus grands conservatoires et, pour la première fois dans l'histoire de la musique, en donnant des cours de maître sur le czakan et le flageolet français au cours international de musique ancienne à Romano Canavese.