Après un cursus complet au CNR de Rouen, Mélanie Flahaut poursuit ses études de flûte à bec à Paris. Premier Prix de la ville de Paris en 2001, elle est également titulaire du Diplôme de musique ancienne en basson baroque (CNR de Paris). Elle se perfectionne ensuite auprès de Jérémie Papasergio ainsi qu’à la Schola Cantorum Basiliensis dans la classe de Conrad Steinmann (Suisse). Elle joue régulièrement sous la direction de Vincent Dumestre (Le Poème Harmonique), Hervé Niquet (le Concert Spirituel), Jean Tubéry (La Fenice), Patrick Cohen-Akhénine (Les Folies Françoises) et Benoit Haller (La Chapelle Rhénane).
Elle participe au flageolet à des albums de chanson avec l’ensemble « Les Lunaisiens » sous la direction du baryton Arnaud Marzorati : France 1789 (2011), La Complainte de Lacenaire (2014) ou Votez pour moi ! (2017).